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《原子之心》于2月21日发售之后，剧情和风格广受好评，但也在西方国家引发某些争议。
首先是乌克兰的抗议，他们呼吁索尼、微软和Valve封禁这款游戏，原因是其背后的开发商Mundfish涉嫌通俄。
Mundfish曾被一些俄媒描述为俄罗斯的开发商，但实际总部位于塞浦路斯，公司一直坚称其具有国际血统。乌克兰推测Mundfish从俄罗斯的能源公司Gazprom那边获取了资金，并将其网站用户数据与俄罗斯共享。而当被问及俄乌立场之时，Mundfish没有直接站队，而是“支持和平”。
乌克兰数字事务部副部长Alexander Bornyakov在乌科技媒体Dev.ua上表态，认为《原子之心》有毒，Mundfish涉嫌非法收集和传输用户数据，游戏的资金流入了俄乌战争。当然，关于Mundfish是否接受俄罗斯方面的投资一事，并没有定论。
另一个争议，是《原子之心》内置的一个动画片段。
《原子之心》有着类似《生化危机》风格的档案室的设定，这里存有一些苏联时代的老动画片，玩家可以在战斗之余观看它们，放松一下，而其中的一个片子《Nu, Pogodi》被游戏媒体PC Gamer发现“问题”。
《Nu, Pogodi》是一部广受欢迎的苏联儿童卡通片，于1969年首播，是不少人的童年回忆，20世纪苏联和俄罗斯文化的珍贵象征，其动画形象甚至出现在1988的苏联邮票上。该片的内容和跟《猫和老鼠》差不多，描写老狼Volk和兔子Zayats之间的欢乐互动，由各种闹剧组成。在某集发生在博物馆的“连锁反应”中，出现了一个非洲部落土著的角色，这被认为是丑化非洲以及陷入种族主义的刻板印象。
在强调各种正确的当下，对老片子的审查见怪不怪，虽然只有短暂几秒的亮相，但如果这一集出现在Disney+或Netflix等西方流媒体的话，多半要被打上“该节目包含对人类或文化的负面描述和/或虐待”的警告。现在出现在一款东欧工作室开发的电子游戏的内置片段中，就只能靠媒体的“找茬”了。于是PC Gamer联系了游戏开发商Mundfish和Focus Entertainment，询问是否会删减该片段，并等待进一步的回应。
